Vermutlich war Merchingen dem Namen nach um 500 n. Chr. eine alemannisch bäuerliche Sippensiedlung, die im fruchtbaren und feuchten Kessachtal sesshaft wurde (Merch = Moor / Sumpf und -ingen = übliche alemannische Endung).
Das Dorf Merchingen wurde 1188 erstmals urkundlich erwähnt.
Seinerzeit kreuzten in diesem Rittergut drei bedeutende Handelsstraßen von Frankfurt, Frankreich und Würzburg über Merchingen nach Heilbronn, Stuttgart und weiter in die Schweiz und das Württemberger Land. So spielte Merchingen für den Handel in der Zeit von Krieg, Fehde, Raub und Zerstörung keine unbedeutende Rolle. Und so überrascht es auch nicht, dass zu dieser Zeit bereits am Standort des heutigen Schlosses eine Ritterburg stand von wo aus das Treiben der Händler geschützt, überwacht und kontrolliert wurde.
Nach dem Zerfall und dem Abbruch der alten Burg blieb einzig und allein der Rundturm mit seinem wohl auch noch zu dieser Zeit wichtigem Verließ übrig. An diesen Turm wurde das jetzige Schlossgebäude angebaut, wobei mit großer Wahrscheinlichkeit Teile, wie z.B. die Kellerfenster mit spätgotischen Formen aus dem 12./13. Jahrhundert, wiederverwendet wurden.
Anlass für den Neubau des Schlosses war eine Erbteilung im Jahre 1564, aus der Johann Erasmus von Aschhausen und seine Gemahlin Anna Katharina von Aschhausen, geb. von Reinberg als neue Eigentümer des Gutes Merchingen hervorgingen.
In verschiedenen Bauabschnitten wurde das Gesamtgebäude (Saalbau, Eckbau, Torbau und Wohnbau) in einer Bauzeit von ca. 27 Jahren erstellt. Die erste Jahreszahl 1566 findet man über einem Kellereingang des Eckbaues.
Das Wohngebäude wurde nachweislich 1574/76 abgezimmert.
Über dem Haupteingang (Torbau) findet man die Jahreszahl 1593 mit dem Allianzwappen der Familien Aschhausen und Rheinberg und der Inschrift ``Verflucht sei dess Blut, der vertut das Gut``. Aus der Ehe des Gutsherrenpaars gingen drei Töchter hervor, die das Gut zu gleichen Teilen erbten. Die Tochter Maria Brigitta von Aschhausen vererbte an ihre drei Töchter ihr Drittel, so dass nun jede Enkelin 1/9 am Besitz von Merchingen besaß.
Die Enkeltochter Marie Jakobe vermählte sich nun mit Johann Wolfgang von Berlichingen, der im Jahre 1649 begann die verstreuten Neuntel zu erwerben.
Dessen vier Söhnen wiederum gelang es schließlich im Jahre 1709 die letzten Neuntel zurück zu kaufen, so dass für die kommenden 250 Jahre das Gut Merchingen den Herren von Berlichingen gehörte.
In den Jahren von 1714 – 1717 fanden unter Johann Friedrich von Berlichingen und seiner Gemahlin Juliane von Gemmingen aufwändige Umbaumaßnahmen statt; die Saalbauten sowie die Wohnbauten wurden aufgestockt.
Im Jahre 1964 tauschte die Gemeinde Merchingen den Saalbau und die entlang des Schlossgartens befindlichen Wirtschaftsgebäude gegen ca. 4 ha Wald. Die Wirtschaftsgebäude (Scheunen und Stallungen) wurden 1965 abgebrochen.
Der Ortsvorsteher Emil Otterbach gründet den ``Förderverein Schlossausbau“
Nachdem 1995 die Gemeinde Merchingen den Tor und Eckbau erworben hatte, baute der Förderverein diese Gebäudeteile zu einem Schlosshotel um. Der Wohnbau steht nach wie vor im Eigentum der Herren von Berlichingen.